واعتقل جيش الاحتلال القبيسي في 7 نوفمبر 2002 عقب اقتحام منزل عائلته في بلدة عبوين قضاء رام الله، وأخضع لتحقيق قاس لأكثر من شهرين حيث تعرض لأشد أنواع التعذيب والتنكيل في مركز تحقيق المسكوبية.
واتهمته تل أبيب بالانتماء لـ"كتائب القسام" والمشاركة في عمليات إطلاق نار على سيارات المستوطنين قرب رام الله، وحكم عليه بالسجن الفعلي مدة 19 عاما.
وقبل اعتقاله، كان مجدي يدرس هندسة الحاسوب في جامعة بيرزيت، ولكن السلطات الإسرائيلية منعته من إكمال تعليمه ثم سمحت له لاحقا بالانتساب إلى جامعة القدس المفتوحة، كما حرمت عائلته من زيارته لسنوات.
وانهمك القبيسي بالدراسة والتأليف، وحفظ القرآن الكريم عام 2008 خلال تسعة أشهر فقط.
وخلال الأسر، نجح القبيسي وأبدع في نظم الشعر، وله قصائد شهيرة أنشدتها فرقة غرباء للفن الإسلامي هي "زمن البشائر" و"مهرة الجمالين"، و"عبير الشهادة"، بالإضافة إلى قصائد نظمها بعنوان "شذَى القَسَّام"، "إنما الشهادة حياة" و"أنا الحرٌّ".